De gemeente Zeist wil de leegstaande Thomaskerk aan de Oranje Nassaulaan aankopen. Als de gemeenteraad ermee instemt, worden in het kerkgebouw leslokalen voor de Kerckeboschschool en een gymnastiekzaal voor verschillende scholen in de buurt gerealiseerd.
Bij de aanpassingen wordt rekening gehouden met de historische waarde van de kerk en ook met onder meer het orgel en de liturgische avondmaalstafel, aldus de gemeente.
De lokale Stichting Behoud van de Thomaskerk vreest dat het karakter van het kerkgebouw verloren gaat. Eerder presenteerde zij plannen om de kerk om te vormen tot een sociaal-cultureel centrum waarvan ook wijkbewoners gebruik kunnen maken.
De Thomaskerk was een ontwerp van architect Duintjer, bekend van De Kolenkit in Amsterdam. Het kerkgebouw, dat in de buurt wel „die glazen doos” en „dat zwembad” wordt genoemd, bevat veel glas. „Wie buiten is, mag zien wat er in de kerk gebeurt en wie binnen zijn, willen zich niet afzonderen van de rest van de wereld, maar kerk-zijn midden in deze samenleving”, was de leidende gedachte.
In 2015 werd er de laatste kerkdienst gehouden. De wijkgemeente rond de Thomaskerk is samengevoegd met een andere wijk van de protestantse gemeente in Zeist.