Japan vaardigde in 2012 een aanhoudingsbevel uit tegen Watson op verdenking van het beschadigen van een schip en het verwonden van een walvisjager in 2010. Hij werd in juli in de Groenlandse hoofdstad Nuuk opgepakt. Groenland is een autonome regio van Denemarken.

Volgens justitie speelde bij het besluit om hem niet uit te leveren mee dat hij dan erg lang vast zou zitten. De ernst van de misdaden waarvan hij wordt beschuldigd en de tijd die sindsdien is verstreken, waren voor Denemarken ook reden om Watson te laten gaan.

Watson had volgens Japan een stinkbom naar een bemanningslid van het schip Shonan Maru 2 gegooid. Hij deed dat tijdens een actie van zijn organisatie Sea Shepherd. Over die organisatie werd de realityserie Whale Wars gemaakt, die ook in Nederland werd uitgezonden.

Watson zelf zei na zijn vrijlating tegen persbureau AFP dat zijn tijd in de cel de aandacht op „de voortdurende Japanse illegale walvisvaart” heeft gevestigd. „Dus de afgelopen vijf maanden waren in feite een verlengstuk van de campagne.”