Zijn lichaam kwam zondagochtend aan in Nederland. Een dag voor de uitvaart kunnen genodigden in restaurant De Librije in Zwolle afscheid nemen van Boer. Ze lopen dan een route door het restaurant, langs de kist.

Jonnie Boer had sinds 2004, samen met zijn vrouw Thérèse, drie Michelinsterren voor De Librije. Tijdens koningsnacht is in Zwolle een minuut stilte gehouden ter nagedachtenis aan Boer. Ook bij de bekendmaking van de Michelinsterren voor België en Luxemburg in Antwerpen maandag is stilgestaan bij zijn overlijden.