Ds. Hendrikse werd geboren in een niet-kerkelijk gezin in de Alblasserwaard. Hij werkte aanvankelijk in de zakenwereld, maar raakte in de jaren 70 geïnteresseerd in religie. Na een theologiestudie in Utrecht werd hij predikant, eerst in Zierikzee (1984) en daarna van 1989 tot zijn emeritaat in 2012 in de vrijzinnig-remonstrantse Koorkerk in Middelburg.

De predikant kreeg in 2007 landelijke bekendheid met zijn boek ”Geloven in een God die niet bestaat”. Vanwege uitspraken als: „God bestaat niet. Ik heb nooit enig moment een spoortje van een vermoeden gehad dat het anders zou zijn”, kreeg ds. Hendrikse veel kritiek: binnen de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) en daarbuiten. Tot een tuchtprocedure kwam het niet. Het regionaal college voor de visitatie oordeelde dat de uitspraken van ds. Hendrikse „niet van het gewicht zijn dat ze fundamenten van de kerk aantasten.”

De ”zaak-Hendrikse” werd desalniettemin op de generale synode besproken. De besprekingen resulteerden in het rapport ”Spreken over God” (2010), dat volgens ds. Hendrikse neerkwam op een „catechisatieles uit een glorierijk verleden: U vraagt en wij draaien het oude liedje.”

In 2011 verscheen een tweede boek van ds. Hendrikse, ”God bestaat niet en Jezus is zijn zoon”. Daarin rekende hij af met de godheid van Christus.

Ds. Hendrikse was getrouwd met predikante Dea Spierings. Het echtpaar kreeg twee kinderen en vijf kleinkinderen. De uitvaart vindt dinsdag plaats vanuit de Koorkerk in Middelburg.