Het rijk bewerkte doksaal uit de vroegrenaissance is het pronkstuk van de Rhenense kerk. Het vormt de afscheiding van de kerk met het middeleeuwse koor. Het is een van de weinige doksalen die in Nederland zijn overgebleven uit die periode en dateert uit 1550. Op dit moment is het instabiel en daarom onbruikbaar en niet beloopbaar.

Andere bekende doksalen bevinden onder andere in de Mariakerk te Krewerd (Groningen), de kerk van het klooster Ter Apel, de kerk van Holwierde (Groningen), de Martinikerk in het Friese Oosterend en in de Amersfoortse Sint-Joriskerk.

De Cunerakerk is zo groot dankzij het feit dat Rhenen in de middeleeuwen een belangrijk bedevaartsoord was. De pelgrims kwamen af op relieken van de heilige Cunera die hier vanaf de achtste eeuw werd vereerd. De trots van de kerk is de 82 meter hoge toren.

De kerk heeft rond 2015 een grote restauratie ondergaan, waarbij onder andere de glas-in-loodramen en het leien dak zijn gerestaureerd.