Het EAPPI is niet de enige organisatie die waarnemers uit het gebied laat vertrekken. Volgens de Wereldraad hebben meerdere non-gouvernementele organisaties actie ondernomen nadat ze door mensen in nederzettingen en Israëlische soldaten zouden zijn geïntimideerd.

De secretaris-generaal van de Wereldraad, Olav Fyske Tveit, heeft de hoop uitgesproken dat de waarnemers van het EAPPI en andere internationale organisaties zo spoedig mogelijk weer naar het gebied kunnen terugkeren.

Het EAPPI-programma raakte medio januari in opspraak omdat de NGO Monitor het in verband bracht met antisemitisme en een anti-Israëllobby bij de Wereldraad. In een reactie zei de wereldraad toen dat het Eappi is bedoeld om antwoord te geven aan zorgen die specifiek in de regio spelen en dat van antisemitisme of het steunen van een anti-Israëllobby geen sprake is.