Onderzoekers die door het fonds zijn ingehuurd, houden de landbouw verantwoordelijk voor 25 procent van de stikstofneerslag in beschermde Natura 2000-gebieden. Het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) komt in de stikstofgevoelige natuurgebieden uit op 45 procent. Dat zijn wel alleen gebieden op land, terwijl in het nieuwe onderzoek ook wateren zijn meegenomen, zoals de Waddenzee en de Zeeuwse delta. De totaalplaatjes zijn daardoor niet een-op-een vergelijkbaar.

LTO wijst los hiervan op „grote onbetrouwbaarheidsmarges in het systeem”. „Als het op nationaal niveau in grote lijnen klopt, betekent dat nog niet dat je met de modellen op vergunningsniveau tot ver achter de komma moet gaan berekenen”, vindt de boerenorganisatie. Die benadrukt achter het principe „meten is weten” te staan.