In 1695 werd Smytegelt als predikant in de Zeeuwse hoofdstad bevestigd. Zijn zorg was wel allereerst het zielenheil van de kerkelijke gemeente in Middelburg, maar in het Zeeuws Tijdschrift van 1968 vindt men uitvoerig beschreven hoe intensief ook zijn invloed op maatschappelijk en economisch terrein is geweest. Kerk en staat waren bepaald niet gescheiden bij hem.

Toen in 1702 de stadhouder-koning overleed en in Den Haag werd besloten zonder stadhouder verder te regeren, gebruikten de Staten van Zeeland die omstandigheden om zich van de vertegenwoordiger van Willem III, een zekere Willem Hadriaan van Nassau-Odijk, en de door hem aangestelde agenten te ontdoen. Ook diens financieel beleid vond men discutabel. Oudere agenten werden door jongere vervangen. In Middelburg gaf dat aanleiding tot grote rellen, die zo uit de hand liepen dat het nieuwe stadsbestuur ds. Smytegelt verzocht zijn invloed aan te wenden om de rebellerende Middelburgers tot orde te roepen.

Smytegelt voldeed aan dit verzoek. Hij belegde een speciale kerkdienst, vermaande onpartijdig zowel de regenten met hun acties als de burgers met hun reacties, suggereerde gerechtelijke vervolging van regenten die oneerlijk met ”stadgeldmiddelen” omgingen en bepleitte herstel in hun positie als zij onschuldig zouden blijken te zijn. Vooral op de gezichten van de prominenten in de zogenaamde heerenbanken was verbazing en ontsteltenis te lezen toen Smytegelt de preekstoel verliet zonder de zegen uit te spreken. Alle kerkgangers waren erdoor ontdaan. Onder voorwaarde dat zijn aanwijzingen en waarschuwingen ter harte zouden worden genomen ging Smytegelt weer de kansel op om in die samenkomst alsnog de zegen uit te spreken. Aldus Maria Boter, die de nooit van papier uitgesproken preken van Smytegelt in nauwkeurige notities voor het nageslacht heeft vastgelegd.

De eeuwige bestemming van een mens vormde het hoofdthema voor de prediking, maar Smytegelt zag die niet los van de vraag hoe men het tijdelijke leven op aarde inrichtte. Hij sprak met kennis van zaken over de economische ethiek, over de productiefactoren, de verhouding werkgever-werknemer, kredietverlening en over het bestedingspatroon van de christen. Hij drong met regelmaat aan op tijdige betaling van rente en aflossing, gispte overdadige uitgaven voor luxegoederen en weelderige inrichting van woonhuizen, waarbij zelfs de keuze van het behang niet ongenoemd bleef. Het gebruik van mooie koetsen en jachten op weg naar de kerk, het ene voertuig nog mooier dan het andere, karakteriseerde hij als hoogmoed. Over de in Middelburg binnenlopende schepen met kostbare lading uit het toenmalige Nederlands-Oost-Indië sprak hij in waarschuwende termen tijdens een preek over het Bijbelwoord: „Als het vermogen aanwast zet er het hart niet op.”

Smytegelt moest balanceren tussen de economische ethiek van het calvinisme en de kapitalistische mentaliteit van zijn dagen, maar hij liet zich daarbij leiden door de aanwijzingen van Hogerhand. Als pastor stelde hij zich onpartijdig op. Toen burgemeester Westerwijk van Goes, voorstander van gemeentelijke autonomie, in conflict kwam met de orangisten, uit zijn ambt en in de gevangenis werd gezet, was het dominee Smytegelt die bij stadhouder Willem III persoonlijk de vrijheid van Westerwijk bepleitte. Terwijl hij –zelf overtuigd orangist– hem in zijn cel met regelmaat bezocht om hem de troost van het Evangelie voor te houden.