De kerk, die dateert van 1925, heeft bekendheid gekregen doordat hier in 1926 de synode van de Gereformeerde Kerken in Nederland vergaderde. Die schorste ds. J. G. Geelkerken, wat leidde tot grote onrust. Het theologische debat ging over de historische betrouwbaarheid van Bijbelverhalen en spitste zich toe op het spreken van de slang in het paradijs. Ds. Geelkerken betwijfelde of de slang echt gesproken had. Hij werd door de synode geschorst en later afgezet.

De kerkenraad wil de komende jaren de diensten concentreren in de Jozefkerk, De Bron en de Opstandingskerk. De Adventskerk en De Ontmoeting krijgen de functie van dependance. De Zuiderkerk, die het duurst in onderhoud is, komt, vanwege teruglopende ledenaantallen, in aanmerking voor sluiting. De kerkenraad verwacht, zo meldt de website van de gemeente, dat het totale ledental vanaf 2010 tot 2015 met zo’n 900 leden zal dalen: van ruim 7700 tot 6800.

De wijkkerkenraad van de Zuiderkerk stemt niet in met het voorgenomen besluit, zo laat hij op de website weten. De wijkkerkenraad en de leden kunnen bezwaren kenbaar maken bij de algemene kerkenraad. Die neemt op 23 mei een definitief besluit.