Het Nieuwediep was ooit een geul voor de kust van het vissersdorpje Helder. Eind 18e eeuw worden de eerste kunstwerken aangelegd en ontstaat een veilige ligplaats voor koopvaardij- en marineschepen. Keizer Napoleon maakt van het Nieuwediep een zwaar gefortificeerde marinebasis met werven en dokken. Die groeit in de 19e eeuw uit tot belangrijkste haven van de Nederlandse zeemacht, de voorloper van de Koninklijke Marine. Tegenwoordig liggen de marineschepen in de in 1954 geopende Nieuwe Haven, ten oosten van het Nieuwediep.

Na de aanleg van het Noordhollandsch Kanaal (1824) is Den Helder toegangspoort voor het scheepvaartverkeer naar Amsterdam. Als in 1876 het Noordzeekanaal wordt geopend, is dat weer voorbij. Een kleine eeuw later wordt in de Noordzee gas aangeboord en ontwikkelt Den Helder zich tot een belangrijke offshorehaven. Bevoorradingsschepen voor boorplatforms en windturbineparken maar bijvoorbeeld ook seismische onderzoeksschepen van multinational Polarcus hebben er hun ligplaats.

De vissers van Den Helder en Texel exploiteren aan het Nieuwediep een moderne visafslag. Damen Shiprepair heeft er drie scheepshellingen en twee drijvende droogdokken. De vroegere monding van het Nieuwediep is afgedamd en tegenwoordig de Veerhaven voor de boten naar Texel.

De exploitatie van de civiele havens berust bij Port of Den Helder, het in 2013 verzelfstandigde gemeentelijke havenbedrijf.