Al in de twaalfde eeuw graven monniken van het klooster in Almenum (tegenwoordig een buurtschap binnen Harlingen) grachten om de handelsvaart over zee te stimuleren. In 1234 krijgt Harlingen stadsrechten. Eeuwenlang meren vrachtschepen aan in de Noorderhaven en de Zuiderhaven, in de binnenstad. Na de verhuizing in 1644 van de Friese admiraliteit in 1644 van Dokkum naar Harlingen is de Zuiderhaven anderhalve eeuw marinehaven. Vandaag zijn de historische havens nog voor de recreatievaart van belang. Zee- en binnenvaartschepen meren aan in de twee industriehavens. Veel coasters laden zout bij de zoutfabriek van Esco. Opslagbedrijf Kloosterboer heeft er een groot koelhuis. Andere bedrijven die de skyline van de Harlinger haven bepalen zijn de scheepswerf van Damen en de jachtwerf van Icon Yachts.

De Nieuwe Vissershaven wordt wel beschouwd als thuishaven van de Urker vloot. Tientallen kotters hebben er in het weekeinde hun vaste ligplaats. De vroegere gemeentelijke visafslag is sinds 1985 in handen van de Urkers. In 2011 besluit Visveiling Urk de Harlinger locatie te reserveren voor de verkoop van garnalen.

De veerboten van Rederij Doeksen meren aan bij de passagiersterminal aan de Nieuwe Voorhaven. Jaarlijks vervoert het bedrijf zo’n 736.000 passagiers over de Waddenzee. Andere havens van Harlingen zijn de Oude Buitenhaven, de Nieuwe Willemshaven, de Vluchthaven en het Dok. Op de kop van de Dokkade heeft de KNRM een station met twee reddingboten.

serie Havens in Nederland

Havens zijn onmisbaar voor de Nederlandse economie. Die van Rotterdam en Amsterdam horen bij de wereldtop. In deze serie aandacht voor wat minder bekende plekken waar schippers hun boten aanmeren.