Van der Zee stond van 1988 tot 1996 aan het hoofd van de Amsterdamse krant. Daarnaast was hij adjunct-hoofdredacteur van Elsevier en correspondent bij het toenmalige NRC Handelsblad vanuit Bonn, Brussel en Washington.

De journalist publiceerde in zijn leven verscheidene boeken, waaronder het autobiografische Potgieterlaan 7 (1997), over het opgroeien als zoon van een NSB’er. Ook schreef hij De overkant (1998), Vergeten legende: Het leven van Frits Koolhoven (2001), Zuidwal (2003), Dochters van Khadija (2004) en Anatomie van een seriemoordenaar (2006).

Van der Zee kreeg begin september veel kritiek op een brief die in NRC belandde. Daarin bekritiseerde hij de koers van de krant en weet dat aan de aanstelling van een vrouw als hoofdredacteur. „Met haar komst is de verdere feminisering van deze ooit zeer gewaardeerde krant een feit. Het begin van het einde”, schreef hij. Later bleek dat zijn brief aan de hoofdredactie was gericht en niet bedoeld voor publicatie.