Het zogenaamde ”Molukkenproject” is een samenwerkingsproject van de Theologische Universiteit Kampen (ThUK) en de Universitas Kristen Indonesia Maluku (UKIM) op Ambon in Indonesië.

Het project, dat in het kader van de wetenschappelijke samenwerking Nederland-Indonesië gesubsidieerd werd door de Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen, begon in 1997. Het staat onder algemene leiding van prof. dr. P. N. Holtrop, emeritus hoogleraar zendingswetenschappen aan de ThUK, prof. dr. G. J. Schutte, emeritus hoogleraar geschiedenis van het Nederlands protestantisme aan de Vrije Universiteit te Amsterdam en dr. Th. van den End, zendingsmedewerker gespecialiseerd in de geschiedenis van kerk en zending in Indonesië.

De twee delen (uitgeverij Boekencentrum, Zoetermeer) gaan over de geschiedenis van de Protestantse kerk in de Molukken, één deel over de eerste vijftig jaren van de negentiende eeuw (van de hand van dr. Chr. de Jong) en één deel over de protestantse kerk op Banda vanaf het eind van de achttiende eeuw (van de hand van dr. Mariette van Selm). Een eerste versie van dat deel werd door Van Selm twee jaar geleden als dissertatie aan deze universiteit verdedigd.

Beide delen zijn onderdeel van een groter project dat gericht is op de uitgave van bronnen betreffende de geschiedenis van kerk en christendom in de Molukken, in de periode 1605-1935. Als beginmoment geldt het jaar 1605 omdat toen het Nederlandse gezag op Ambon werd gevestigd en de eerste protestantse eredienst op Ambon werd gehouden. Het jaar 1935 vormt het eindmoment van het onderzoek omdat toen de zelfstandige Molukse Protestantse Kerk werd gevormd.

Over twee weken wordt op Ambon het 400-jarig bestaan gevierd van de Protestantse Kerk in Indonesië. „Zij is ongetwijfeld de oudste gereformeerde kerk in Azië”, aldus prof. Holtrop.