Het onderzoek wordt gedaan door de Dienst Infrastructuur van de Landelijke Eenheid van de politie onder leiding van het Openbaar Ministerie. Ook de politie Den Haag verleent medewerking aan het onderzoek.

Bij het ongeluk botsten een passagierstrein en een vrachttrein op een bouwkraan die voor werkzaamheden op het spoor stond. „Technisch en tactisch wordt onderzocht of er strafbare feiten zijn gepleegd”, zei Marieke van den Bosch, van de politie. Ook de Onderzoeksraad voor Veiligheid (OVV) doet onderzoek naar het ongeval.

Het ongeluk gebeurde rond 03.30 uur bij station Voorschoten. In de trein zaten vijftig mensen, negentien van hen zijn naar het ziekenhuis gebracht. Als gevolg van de botsing rijden de hele dag geen treinen van en naar Leiden.