Het kerkorgel raakte tijdens de grote brand in april 2019 niet beschadigd door de vlammen, maar kwam wel onder het roet te zitten en liep ook vochtschade op. Een van de organisten van de wereldberoemde kathedraal in Parijs noemde het bij radiozender Europe 1 een "wonder" dat het instrument het inferno overleefde. "Zo'n orgel is enorm en ziet er onverwoestbaar uit, maar is in werkelijkheid erg kwetsbaar."

Het immense orgel wordt de "stem van de kerk" genoemd en bestaat onder meer uit vijf klavieren en maar liefst 8000 orgelpijpen. Die zijn in sommige gevallen 10 meter lang. "Er is een soort magische relatie tussen dit instrument en de kerk", merkte een andere organist op bij televisiezender TF1. "Het laat de stenen zingen."

Het ontmantelen van het orgel kan nog maanden in beslag nemen. Het reinigen en opknappen van het instrument kan vervolgens nog tot 2024 duren.