Maarten had een bezoek aan zijn ouders afgelegd en was op de terugweg naar Enfurt. Toen kwam hij in een noodweer terecht. Hij was heel bang om door de bliksem getroffen te worden. In grote angst viel hij op zijn knieën en riep vreselijk benauwd uit: Help mij Heilige Anna! Ik zal monnik worden. Daarna ging Maarten in 1505 naar het strenge Augustijnenklooster in Enfurt. Maar ook in het klooster vond Maarten geen rust voor zijn hart. Hij leefde heel vroom en sober maar de onrust bleef.

In 1512 werd Maarten aangesteld als hoogleraar aan de universiteit. Hij ging aan zijn leerlingen de Bijbel uitleggen. Hij begon bij de psalmen. Toen kwam hij bij psalm 31 en hij liep vast bij het woord gerechtigheid. Hij had dat woord steeds gezien als een strenge eigenschap van God. Die daardoor de zonde straft. Hij ging zoeken hoe hij gered moest worden door Gods gerechtigheid. Daarna moest hij opnieuw een psalm uitleggen en hier in psalm 71. Ook daar stond het woord gerechtigheid in. Toen leerde de Heilige Geest hem zien dat het niet ging om Gods straffende gerechtigheid maar om de gerechtigheid die Christus door Zijn sterven aan het kruis Zijn offer voor de zondaren verdiend had.

In zijn latere leven noemde Maarten dit de vreemde gerechtigheid. Eindelijk had Maarten toch rust voor zijn hart kunnen vinden. Ook de anderen om hem heen merkte dat. In zijn preken en het uitleggen aan zijn leerlingen kon Maarten hiervan niet zwijgen. Vooral aan zijn uitleg over de Galaten was dit duidelijk te merken. Ook kreeg Maarten nu veel vragen van mensen die ook worstelden met de vraag: hoe word ik rechtvaardig voor God.

Maar ook al was Maarten bekeerd hield hij zich nog aan allerlei Rooms-Katholieke dwalingen. Hij erkende het gezag van de Paus. Ook hield hij vast aan biecht, vagevuur, beelden en relikwieën. Toen hij hoorde van de aflaathandelaar Tetzel was daar het begin van de breuk met Rome. Maarten merkte ook dat de biechtelingen dachten dat ze geen berouw over hun zonden hoefden te hebben. Dit trof Maarten heel diep. Hij was verdrietig dat de mensen niet meer aan God om vergeving vroegen. Maarten besloot er wat aan te doen. Hij hing op 31 oktober 1517 95 stellingen over de aflaat aan de deur van de slotkapel in Wittenberg. Overal werden die stellingen bekend. Maarten wilde de kerk hervormen. Hij hoopte ook dat de paus hem zou steunen.

Maar dat was niet zo. De paus bemoeide zich niet met die stellingen. Hij noemde Maarten zelfs een dronken Duitser. Toen het zover ging dat er allemaal boekjes voor en tegen Maarten verschenen greep hij in. Hij beschuldigde Maarten van ketterij. Daarna werden er verschillende pogingen gedaan om Maarten te laten herroepen. Hij weigerde dit alleen als de Bijbel schreef dat hij dwaalde. Op 15 juni 1520 verscheen er een brief van de paus waarin Maarten werd bedreigd dat hij de ban in moest als hij niet herriep. Maartens antwoord was duidelijk. Hij verbrandde in het openbaar met alle studenten de brief van de paus in de poort in Wittenberg. Daarna deed de paus Maarten in de ban.

In 1521 moest hij verschijnen voor de Rijksdag in Worms. Maarten werd hier vogelvrij verklaard. Maarten stierf op 18 februari 1546 in zijn geboorteplaats Eisleben.