Ds. Schipper werd in 1998 tot predikant bevestigd in zijn eerste gemeente, ’s-Gravenpolder. Daarna diende hij de gemeente van Dirksland (2006), daarna die van Leerdam (2014). Sinds zijn emeritaat in 2018 woonde de voorganger in Scherpenzeel.

Ds. Schipper was een kenner van de kleine kerkgeschiedenis en publiceerde daar regelmatig over, in diverse boeken en in kerkblad De Saambinder. De predikant, die in 2016 ernstig ziek was en een paar jaar later ook nog een hartstilstand kreeg, preekte en catechiseerde de laatste jaren weer. Ook was hij bezig, vertelde hij in 2023 in een interview in het Reformatorisch Dagblad, met een hertaling van een uitleg bij het avondmaalsformulier van Jacobus van Houte (geboren in 1707).