In juni 2010 voer Schettino met de Costa Atlantica met een te hoge snelheid de haven van Warnemunde binnen en beschadigde een ander cruiseschip. In een briefwisseling met zijn werkgever over de kwestie zei Schettino dat hij niets wist van een snelheidsbeperking. Hij had verder geen enkele aanwijzing dat zijn snelheid iets met de aanvaring te maken had.
De kapitein voer 13 januari met de Costa Concordia rakelings lang het eilandje Isola del Giglio, circa 135 kilometer ten noordwesten van Rome. Daarbij scheurde de rotskust het schip open en het cruiseschip kapseisde. Vrijwel zeker kwamen daarbij 32 mensen om het leven.
Schettino wordt ervan verdacht verantwoordelijk te zijn voor de dood van opvarenden, omdat hij nalatig en laf zou hebben gehandeld tijdens de ondergang van zijn schip.
