Schot hagel

Twee teams bezochten gisteren gebroederlijk president Clinton, omdat ze tegelijkertijd een ruwe schets van de menselijke genenkaart gereed hadden. Ze hanteerden echter verschillend tekengereedschap.

De onderzoekers van het Humaan Genoom Project (HGP) knippen de chromosomen in grote brokstukken. Door op verschillende manieren te knippen en naar de overlappende stukken te kijken, bepalen ze de juiste volgorde van de fragmenten. Deze brokstukken worden opnieuw versnipperd tot stukken van 150.000 letters lang. De wetenschappers plakken elke snipper in een apart stukje kunstchromosoom van een bacterie, die het fragment kopieert; elk onderdeel is voorzien van een 'oormerk' om het later op de kaart te kunnen plaatsen. Deze snippers worden, nu tamelijk willekeurig, versplinterd tot fragmenten van 1500 letters. Een DNA-sequentiemachine leest automatisch de volgorde van de eerste 500 letters. Een computer vergelijkt alle resultaten, zoekt naar overlap, bepaalt zo de juiste volgorde en zet de code ervan achter elkaar.

Het Amerikaanse bedrijf Celera gaat op een veel grovere manier te werk. In plaats van de verschillende grote brokstukken netjes te markeren, knipt Celera complete chromosomen direct in kleine stukken van respectievelijk 2000 en 10.000 letters lang. Die brokstukken kunnen (vrijwel) rechtstreeks door een DNA-sequentiemachine gelezen worden. De machine leest de eerste 500 letters van beide zijden van het brokstuk. De computer kijkt naar de overlappende stukken en monteert de fragmenten tot één geheel. Deze benadering heet de shotgun-methode, alsof je met een schot hagel op de genen schiet.

Een belangrijk verschil tussen HGP en Celera is dat HGP veel laboratoriumwerk moet verrichten, terwijl Celera veel computercapaciteit nodig heeft. Celera beschikt daarvoor over de grootste commerciële supercomputer ter wereld, geleverd door Compaq.